بعد از غلبه اسکندر مقدونی به ايران٬ سرداری به نام آتورپات در آذربايجان ظهور کرد و از اشغال آن توسط يونانی ها ممانعت بعمل آورد.از آن به بعد اين سرزمين به نام آتورپاتکان معروف شد.آتورپات به پادشاهی رسيد و آن ناحيه را مستقل اعلام نمود.

در طول دوره سلوکی ها ٬ ناحيه آتورپاتکان همچنان مستقل ماند و يونانيان و جانشينان اسکندر نتوانستند آداب و رسوم و تمدن يونانی را در آن ناحيه اشاعه دهند.آذربايجان در اين زمان پناهگاه زردشتيان و تکيه گاه ايرانيت در مقابل يونانيت شد.

حکومت جانشينان آتورپات در آذربايجان در زمان اشکانيان نيز ادامه يافت و اين منطقه توانست کماکان استقلال خود را حفظ کند.سرانجام اردشير بابکان موسس سلسله ساسانی بر حکمرانان آذربايجان استيلا يافت.از اين تاريخ اين منطقه استقلال خود را از دست داد.

در دوره ساسانی معمولا يکی از مرزبانان را به حکومت اذربايجان می گماردند.در اواخر آن دوره حکومت آذربايجان در دست خاندان ( فرخ هرمزد) بود.و پايتخت آن (شيز) يا( گنزب ) نام داشت که مطابق با ويرانه های ليلان در جنوب شرقی درياچه اروميه گزارش شده است.

پس از فتح اذربايجان به دست اعراب٬ قبايل عرب ار بصره و کوفه و شام و يمن برای سکونت به آنجا روی آوردندو با خريد زمين های وسيع ٬ کشاورزی را گسترش داده و افراد بومی را رعيت خود ساختند.امرای عرب برای حفظ زمين های خودئ احتمالا برای حفظ رعايای مسلمان خود از حملات ديگر مردم آذربايجان که به اسلام نگرويده بودند٬ باروهايی در اطراف املاک وسيع خود می کشيدند که بتدريج داخل اين باروها به صورت شهرهای نسبتا مهم در آمد.

در سال ۱۹۸ هجری که مامون هنوز در خراسان بود و حسن بن سهل را به عراق فرستاده بود٬ عده ای از امرای عرب در آذربايجان دعوی استقلال داشتند٬ بابک خرمدين از ضعف خلافت مرکزی و دوری مامون از بغداد استفاده کرد و قسمت های مهمی از شمال شرقی اذربايجان را در اختيار گرفت.پس از  قيام بابک ٬  سلطه دستگاه خلافت بر آذربايجان ضعيف شد.

سلسله های ايرانی بعد از اسلام مانند طاهريان٬ صفاريان٬ سامانيان و غزنويان که از شرق ايران برخاستند و حکومت های مستقلی تشکيل دادند هيچگاه نتوانستند قلمرو خود را به آذربايجان برسانند.در اين مدت که از سال ۲۰۵ هجری ( تاسيس سلسله طاهريان) شروع و تا سال ۴۲۹ ( آخر سلسله سلجوقيان) ادامه می يابد٬ حکومت های محلی متعددی  قدرت را در آذربايجان به دست گرفتند.آخرين حکام مقتدر اين ايالت٬ ساجيان(۳۱۷-۲۷۶ ه) بودند که آنها نيز خود عاقبت بر ضد خلفا قيام کردند.پس ازسقوط ساجيان ٬ سلسله های محلی ديگری در اذربايجان به قدرت رسيدند که رواديان ار آن جمله اند.در دوران حکومت ساجيان ( بنی ساج) حکومت بعد از  آن حکمرانانی در قسمت شمالی رود ارس به حکام آذربايجان خراج می دادند که از معروف ترين انها شيروانشاهيان٬ خداوندان شکی٬ حکام گرجستان٬ رواديان و حکام ارمنستان بودند.

در آغاز قرن يازدهم ميلادی ترکان غز به فرماندهی سلجوقيان ٬ نخست با دسته های کوچک و سپس با تعداد بيشتر ٬ آذربايجان را به تصرف در آوردند.در نتيجه اهالی ايرانی و نواحی ماورا قفقاز ٬ حکومت ترکان را گردن گذاشتند.

در سال ۱۱۳۶ ميلادی آذربايجان به دست اتابک ايلدگز ( الدگوز) افتاد که تا حمله کم دوام جلال الدين خوارزمشاه (۱۲۲۵-۳۱ م)وی و اولادش بر آذربايجان حکومت کردند.

با حمله مغولان و ورود هولاکو خان ايلخان ۱۲۵۶ م ٬ آذربايجان مرکز پادشاهی بزرگی شد که از آموی تا شام امتداد داشت.

پس از ضعف ايلخانان مغول٬ در آذربايجان امرای مستقل حکومت يافتند.از آن جمله می توان به جلايريان٬ چوپانيان و ترکمانان اشاره کرد که در قسمتی از اين منطقه حکامی مستقل شدند.

پس از تصرف آذربايجان به دست شاه اسماعيل اول صفوی۱۵۰۲ آذربايجان سنگرگاه اصلی و مرکز عمده گردآوری قوای نظامی برای شاهان صفوی شد.در زمان صفويه آذربايجان محل جنگ های خونين ميان سپاهيان ايران و عثمانی شد و عثمانيان بارها تبريز را به تصرف خود در آوردند.

پس از سقوط دولت صفويه٬ در دوره ای که ايران عملا ميان روس، عثمانی و اشرف افغان تقسيم شده بود٬ آذربايجان در دست دولت عثمانی ماند٬ ولی ديری نپاييد که نادر شاه آن را از تصرف دولت عثمانی بيرون آورد و در صحرای مغان تاجگذاری کرد.

کريم خان زند در سال ۱۷۵۵ میلادی  آذربايجان را از دست خانهای محلی که پس از مرگ پادشاه قيام کرده بودند ٬ باز پس گرفت٬ اما پس از مرگ او باز خوانين محلی سر بر آوردند٬ تا اينکه آغا محمد خان قاجار در سال ۱۷۷۵میلادی موفق شد که آذربايجان را کاملا مطيع کند.

و در سال ۱۸۱۳ و ۱۸۲۸ ميلادی دو عهدنامه ننگين گلستان و ترکمنچای به ايران تحميل شد  و نواحی وسيعی  از کشورمان  توسط روس ها از ايران جدا شد.و بی کفايتی فتحعلی شاه عامل اين درد عميق بر دل ما می باشد که تا قرن حاضر نيز همچو دملی چرکين در روح هر ايرانی وجود دارد.و غمی جانکاه که تنها با بازگشت آن سرزمينهای دور از ميهن برطرف می شود.

پس از سال    ۱۹۰۵  مردم اذربايجان سهم موثری در انقلاب مشروطيت داشتند .پس از فتح تهران ٬ تبريز دارای مهم ترين نقش در پيروزی انقلاب مشروطيت بود که قسمت غربی آذربايجان را نيز به نوعی تحت تاثير قرار می داد

با اشغال آذربايجان توسط روسها .آثار انقلاب مشروطيت در آن موقتا از ميان رفت.اين هجوم با همپيمانی دولت انگليس به بهانه حفاظت از اقليتهای خارجی مقيم آذربايجان ( به ويژه تبريز) در سال ۱۹۰۸ انجام گرفت.

با آغاز جنگ اول جهانی آذربايجان مورد تهاجم نيروهای روسيه و عثمانی قرار گرفت٬ پس از انقلاب اکتبر ۱۹۱۷ روس ها آذربايجان را تخليه کردند و ترکان عثمانی در تبريز حکومتی دست نشانده مستقرساختند.پس از شکست المان و متحدش عثمانی آذربايجان و سراسر ايران به دست انگليسی ها افتاد.

رضا شاه در سال ۱۹۲۱ دوباره حکومت ايران را برقرار کرد.به دنبال شروع جنگ دوم جهانی در سال۱۹۴۱ نيروهای شوروی وارد ولايات شمالی ايران از جمله اذربايجان شدند.اين نيروها در اغاز ماه مه۱۹۴۶ به دنبال طرح مسئله آذربايجان در سازمان ملل متحد که به نخستين شکاف رسمی بين متفقين منجر شد.آذربايجان را تخليه کردند.